Pada zaman Hindia-Belanda dan sebelumnya, Kalimantan merujuk kepada keseluruhan kepulauan Borneo yang merangkumi Sabah, Sarawak, Brunei, dan kawasan Kalimantan sekarang. Dalam surat-surat Pangeran Tamjidillah dari Kerajaan Banjar kepada Residen Belanda di Banjarmasin pada tahun 1857, beliau menyebut nama "Pulau Kalimantan", bukannya "Pulau Borneo". Ini menunjukkan bahawa di kalangan penduduk, nama "Kalimantan" lebih dikenali daripada nama "Borneo" yang digunakan oleh pentadbiran penjajah Hindia Belanda.

Sebahagian besar wilayah Kalimantan dari negeri Sambas sehingga negeri Berau merupakan bekas kawasan taklukan Kerajaan Banjar, tetapi kini, kawasan itu menyusut menjadi sebahagian kecil sahaja daripada wilayah Kalimantan Selatan ketika kini, setelah jatuh ketangan kesultanan Brunei. Dengan kedatangan British, British memisahkan Sabah, Sarawak dari Kalimantan (termasuk Brunei). Semasa Sabah dan Sarawak dimasukkan ke dalam Malaysia, Indonesia membantah kerana mereka bercita-cita menubuhkan Indonesia Raya, dan rancangan itu akan membahagi Kalimantan. Akan tetapi, British tetap meneruskan rancangan dan hanya mengiktiraf Kalimantan sebagai bahagian Indonesia sahaja, manakala keseluruhan kepulauan dipanggil Borneo. Sampai sekarang kepulauan itu dipanggil Borneo manakala bahagian Kalimantan pula merujuk sebagai wilayah selatan borneo (aka bahagian Indonesia). Nama Kalimantan kembali menjadi popular pada dekad 1940-an.